Vanaf het begin van de twintigste eeuw baden christenen in zowel Japan als Noord-Amerika voor de oprichting van een christelijke universiteit in Japan. Hun lang gekoesterde droom kwam uiteindelijk uit na het einde van de Tweede Wereldoorlog. Nadenkend over de oorlogsramp, en met een sterk gevoel van verantwoordelijkheid jegens toekomstige generaties, werd geprobeerd een commissie te vervullen die belast was met de missie om ICU op te richten.
Het officiële besluit om de International Christian University op te richten werd genomen door de University Organization Council. Deze leiders van de christelijke kerk in Japan en Noord-Amerika hielden op 15 juni 1949 een bijeenkomst in de YMCA Tozanso in Gotemba, in de prefectuur Shizuoka. De eerste pagina werd aldus geschreven in de geschiedenis van de IC, gevoed door de wensen en gebeden van degenen die om Japan te transformeren in een land dat openstaat voor de wereld en mensen wil koesteren die actief kunnen bijdragen aan een vreedzame toekomst voor de mensheid.